Il Pontificio Collegio Internazionale Maria Mater Ecclesiae nacque dal comune interesse del servo di Dio Papa Giovanni Paolo II e dei Legionari di Cristo, per la formazione dei sacerdoti.

Nella visita di Papa Giovanni Paolo II al Centro de Studi Superiori dei Legionari di Cristo a Roma, il Santo Padre espresse il desiderio che il carisma formativo dei legionari fosse messo a disposizione di altre realtà della Chiesa. Così, ebbe l’occasione di erigere un centro destinato alla formazione dei futuri formatori di seminario, offrendo così una risposta alla richiesta del Papa.

1991

Il progetto è stato lanciato il 15 luglio 1991, con l'arrivo a Roma dei primi 16 giovani provenienti da quattro paesi dell'America Latina. Fin dalla sua fondazione, che ha avuto luogo nell'attuale Casa Generalizia dei Legionari di Cristo, P. Juan Manuel Dueñas, L.C. è stato responsabile della scuola Maria Mater Ecclesiae come rettore. Egli, insieme all'équipe di formatori, ha curato la formazione dei seminaristi e il consolidamento del Collegio.

2005

Con l’aiuto di Dio, la ‘famiglia’ Maria Mater Ecclesiae si è moltiplicata anche istituzionalmente con la nascita di un'altro centro di la formazione sacerdotale: la residenza sacerdotale Maria Mater Ecclesiae, aperta a Roma, nell’ottobre 2005, con ll'obbiettivo di accogliere sacerdoti diocesani venuti studiare nella città di Roma.

1992

Nell'agosto 1992, il Collegio Internazionale ha avuto la sua prima sede a Castel di Guido. Questa prima casa è stata testimone dei primi passi del lavoro ecclesiale volto ad accogliere e formare giovani seminaristi di varie diocesi dei cinque continenti.

Un anno dopo, il primo sacerdote fu ordinato nella cappella del Collegio di Castel di Guido. È l'inizio di una crescente catena di giovani formatisi in questo Collegio che oggi, dopo 15 anni di fondazione, conta più di 450 sacerdoti ordinati.

2019

Il 5 febbraio 2019, la Congregazione per il Clero ha approbato per un periodo di 3 anni i nuovi Statuti del Pontificio Collegio Internazionale Maria Mater Ecclesiae, che eranno stati presentati dal P. Eduardo Robles Gil, superiore generale della Congregazione dei Legionari di Cristo. 

1999

Il 1999, alle soglie del Grande Giubileo, è stato un anno di particolari grazie per il Collegio.  A maggio, mese dedicato in particolare alla venerazione della Beata Vergine Maria, il Santo Padre Giovanni Paolo II, attraverso l'allora prefetto della Congregazione per l'Educazione Cattolica, Sua Em. Rvma. Il cardinale Pio Laghi ha dato al Collegio Maria Mater Ecclesiae il titolo di "Pontificio".

2000

In quest’anno si traslada la sede del Collegio da Castel di Guido a Roma, vicino alla Via Aurelia.

La sede del Pontificio Collegio Internazionale Maria Mater Ecclesiae, con ampie aree verdi e impianti sportivi, è stata progettata per offrire ad ogni seminarista le migliori condizioni per un'educazione integrale, in un ambiente che favorisce la serenità e il senso di responsabilità personale.